season 2

Season kedua bermula delapan jam sejak pelarian. Fox River Eight berpisah dan memulai perjalanan masing-masing dengan pihak berwajib yang terus membayangi mereka. Brad Bellick (Wade Williams) dipecat dari Fox River dan mengejar mereka untuk mendapatkan hadiah uang. Beberapa narapidana bertemu kembali untuk mendapatkan sejumlah besar uang hasil rampokan narapidana lain yang dikubur di suatu tempat. Agen Federal Alexander Mahone (William Fichtner) diberi tugas untuk melacak dan menangkap kedelapan narapidana, namun ternyata ia juga bekerja untuk Company, yang menginginkan kedelapan orang tersebut mati. Ketika Sara mendapati ayahnya, Gubernur Frank Tancredi, meninggal, ia bertemu Michael, dan tetap bersama mereka sementara Michael dan Lincoln berusaha membuktikan keterlibatan sang Presiden dengan Company. Untuk memastikan keselamatan kakak-beradik itu, Sara membiarkan dirinya tertangkap dan menghadapi persidangan. Dalam persidangan tersebut, kesaksian mantan agen rahasia Paul Kellerman (Paul Adelstein)-yang tadinya bekerja untuk sang Presiden (yang dikontrol Company)- membebaskan Lincoln dan Sara. Beberapa dari Fox River Eight terbunuh atau tertangkap, tetapi Linc dan Michael berhasil sampai ke Panama. Namun kemudian Michael, T-Bag, Mahone, dan Bellick ditangkap pihak berwajib Panama dan dipenjara di Sona.